Clinical Genomics Resume

유한나 (Hannah Yu)Clinical Genomics Scientist

임상 유전체 분석과 중개 연구 분야에서 10년 이상의 연구 경험을 보유한 연구자입니다. WES·WGS 기반 변이 해석과 임상 보고서 작성부터 Oxford Nanopore 기반 초고정확도 시퀀싱 기술 개발(Advanced Science, IF 14.5 제1저자)까지, 연구와 임상을 연결하는 중개 연구 역량을 갖추고 있습니다.

About

소개

삼성서울병원에서는 암 환자 검체 기반 WES 및 RNA sequencing을 수행하며 임상 연구와 NGS workflow를 경험하였고, 쓰리빌리언에서는 임상 유전 과학자로서 WES/WGS 기반 변이 해석, 임상 보고서 작성 및 의료진과의 협업을 통해 희귀질환 진단을 지원하였습니다.

미국 오하이오주립대학교에서는 Oxford Nanopore 기반 high-fidelity sequencing 기술을 개발하여 Advanced Science(IF 14.5) 제1저자 논문을 발표하였으며, 글로벌 공동연구 및 기술 개발 경험을 보유하고 있습니다.

NGS 실험, 유전체 분석, 분자생물학, 임상 유전체 해석을 아우르는 전문성을 바탕으로 연구와 임상을 연결하는 중개 연구 역량을 갖추고 있습니다.

학위
이학박사
생물분석과학과 (UST)
경력
10년 이상
임상유전체 · NGS · 중개연구
대표 성과
Advanced Science
(IF 14.5) 제1저자
전문 분야
WES/WGS 변이해석
Nanopore 시퀀싱
Skills

기술 역량

Sequencing & Genomics

WES / WGS RNA-seq Oxford Nanopore Illumina MiSeq NovaSeq X Plus AVITI24 Metagenome 분석

Clinical & Bioinformatics

WES/WGS 변이 해석 임상 보고서 작성 희귀질환 진단 지원 AI 기반 문헌조사 유전상담팀 협업

Molecular Biology

Cloning Site-directed mutagenesis qPCR / dPCR HRM Bisulfite conversion In vitro methylation NGS library prep CRISPR/Cas9

Instrumentation

CE (모세관 전기영동) MALDI-TOF FACS

경력 · Career Experience

경력 (Career)
쓰리빌리언 · 임상 유전 과학자
2025.11 – 2026.02
  • 유전체 검사(WES/WGS)의 변이 해석 및 보고서 작성
  • AI를 활용하여 희귀질환 관련 유전자 및 변이에 대한 문헌 조사 및 임상적 해석
  • 의료진 및 유전상담팀과의 커뮤니케이션을 통한 증상-유전정보 통합 분석
  • 유전진단 인공지능 모델 고도화 연구 (AI engineer, bioinformatics 전문가들과 공동 연구)
삼성서울병원 · 박사 연구원
2025.03 – 2025.09
  • 암 환자 샘플 기반 유전체 시퀀싱 실험 설계 및 수행
  • 임상 시료에서 핵산 추출, 품질 평가, 시퀀싱 라이브러리 제작
  • NovaSeq X Plus 및 AVITI24 플랫폼을 활용한 WES 및 전사체 시퀀싱 수행
  • 생물정보학팀과 협업하여 데이터 처리, 분석 및 해석 진행
부산대학교 · 박사 연구원
2024.09 – 2025.01
  • 국가중앙인체자원은행에서 1,017건의 혈액 및 조직 자원을 제공받아 DNA 제작 및 QC 수행
  • 국립보건연구원 세균질환과에서 제공받은 6종 결핵균 균주의 전장 유전체 시퀀싱 수행 및 데이터 분석
오하이오주립대학교 · 박사후 연구원
2016.04 – 2024.07
  • Oxford Nanopore 기반의 high-fidelity, long-range single-molecule sequencing 기법 개발
  • Circular long-read DNA constructs 및 twin random barcode 생성 기술 개발
  • 개발한 기술을 활용한 환자 및 폐수 내 SARS-CoV-2 변이 검출 및 모니터링
  • 새로운 해양 RNA 바이러스 발견
  • 항레트로바이러스제(ART) 처리된 HIV-1 변이 프로파일링, HIV-1 변이체 in vitro 선별
  • CRISPR/Cas9 기반 유전체 편집
  • HIV-1 RNA 유전체 수준의 후성유전학적 변형 패턴 규명
과학기술연합대학원대학교(UST)/한국표준과학연구원(KRISS) 캠퍼스 · 박사과정 연구원
2010.09 – 2016.02
  • 유전자 계량을 위한 기준 측정법 설계 및 검증
  • dNMP/NMP, human genomic DNA, miRNA, gene methylation, 16S rDNA 등 인증표준물질(CRM) 개발
  • NGS 기반 실험 전략 수립 및 샘플 라이브러리 제작/시퀀싱 수행 (Illumina MiSeq)
  • 첨단 분석 장비 운용: NGS(DNA 메틸화·전사체·metagenome 분석), CE(DNA 메틸화, dNMP/NMP 분석, 핵산 정량), MALDI-TOF(단백질 identification, genotyping), FACS(세포 분류, 단일 세포 분석)
  • 분자생물학 연구기술 숙련: cloning, site-directed mutagenesis, qPCR/dPCR, HRM, bisulfite conversion, in vitro methylation, NGS library preparation
충남대학교 · 석사과정 연구원
2007 – 2008
  • 제브라피쉬 사육 및 관리
  • microinjection 및 whole-mount in situ hybridization 수행

학력 · Education

학력 (Education)
과학기술연합대학원대학교(UST) 생물분석과학과 · 이학박사
2010 – 2016
  • 학위논문: 유전자 계량을 위한 기준 측정 방법 개발 — 유전자 메틸화, 유전자 발현, 세균 군집 프로파일링
  • 지도교수: 양인철 교수
한국표준과학연구원 생물분석센터 · 인턴십
2009 – 2010
  • 지도교수: 양인철 교수
충남대학교 과학교육학과(생물전공) · 이학석사
2006 – 2008
  • 학위논문: 제브라피쉬에서 Farnesoid X Receptor (fxr) 유전자 분리
  • 지도교수: 김철희 교수
한동대학교 생명과학과 · 이학사
2001 – 2006

교육 · 자격

Continuing Education

AI & Data Science Training · Certification

AI & Data Science Training
AI 융합 데이터 분석 전문인력 양성과정 (WISET × AWS)
2026.04 – 2026.05
  • Python(Google Colab) 기반 데이터 분석, 데이터 수집·전처리, API 활용
  • 데이터 시각화 및 대시보드 구현
  • AWS 기반 데이터 분석 프로젝트 및 멘토링
생성형 AI 전문강사 양성과정 (WISET × AWS)
2026.06 – 2026.07
  • 프롬프트 엔지니어링, RAG, MCP, Agentic AI, AI Coding Agent
  • AWS 기반 생성형 AI 활용
  • AI 교육 콘텐츠 개발 및 팀 프로젝트 수행
AI 활용 실무 훈련 (WISET × 상상력집단)
2026.07 – 2026.08 (수강 중)
  • ChatGPT·Claude·Gemini 활용 업무 생산성 향상
  • Python·Colab 기반 데이터 분석, AI 업무 자동화
  • 연구·실험 데이터 분석 프로젝트, GitHub·Notion 포트폴리오 제작
Certification
데이터분석준전문가 (ADsP)
2026.06.05 취득

논문 · Publications

Published (peer-reviewed)
Yu H, Golconda S, Xue D, Zhu M, Lee GE, Viola C, Dominguez-Huerta G, Bolduc B, Sullivan M, Kim S. CLAE: A High Fidelity Nanopore Sequencing Strategy for Read Level Viral Variant Detection and Environmental RNA Virus Discovery.
Advanced Science (2025) Sep 11:305978. doi:10.1002/advs.202505978 · PMID: 40936099IF 14.5
Baek A, Lee GE, Golconda S, Rayhan A, Manganaris A, Chen S, Tirumuru N, Yu H, et al. Single-molecule epitranscriptomic analysis of full-length HIV-1 RNAs reveals functional roles of site-specific m6As.
Nature Microbiology (2024) May;9(5):1340-1355. PMCID: PMC11087264IF 28.3
Baek A, Rayhan A, Lee GE, Golconda S, Yu H, et al. Mapping m6A Sites on HIV-1 RNA Using Oligonucleotide LC-MS/MS.
Methods Protoc. (2024) Jan 10;7(1). PMID: 38251200; PMCID: PMC10801558. doi:10.3390/mps7010007IF 2.4
Kim S, Shukla RK, Yu H, et al. CD3e-immunotoxin spares CD62Llo Tregs and reshapes organ-specific T-cell composition by preferentially depleting CD3ehi T cells.
Front Immunol. (2022); 13:1011190. PMID: 36389741; PMCID: PMC9643874. doi:10.3389/fimmu.2022.1011190IF 8.8
Kim S, Shukla RK, Kim E, Cressman SG, Yu H, et al. Comparison of CD3e Antibody and CD3e-sZAP Immunotoxin Treatment in Mice Identifies sZAP as the Main Driver of Vascular Leakage.
Biomedicines (2022), 10, 1221. doi:10.3390/biomedicines10061221IF 6.0
Suryawanshi GW, Khamaikawin W, Wen J, Shimizu S, Arokium H, Xie Y, Wang E, Kim S, Choi H, Zhang C, Yu H, et al. The clonal repopulation of HSPC gene modified with anti-HIV-1 RNAi is not affected by preexisting HIV-1 infection.
Science Advances (2020). doi:10.1126/sciadv.aay9206IF 13.1
Yu H, Hahn Y, Park SR, et al. Normalization of human RNA-seq experiments using chimpanzee RNA as a spike-in standard.
Sci. Rep. (2016) · doi:10.1038/srep31923IF 4.3
Yu H, Hahn Y, Yang I. Reference materials for calibration of analytical biases in quantification of DNA methylation.
PLOS One (2015) · doi:10.1371/journal.pone.0137006 · PMCID: PMC4569303IF 3.2
Kang MJ, Yu H, Kim SK, Park SR, Yang I. Quantification of trace-level DNA by real time whole genome amplification.
PLOS One (2011) · doi:10.1371/journal.pone.0028661IF 3.2
Submitted
Lee GE, Golconda S, Yu H, Kim S, Kim S. "Universal RNA Linearization Enables Full-Length Nanopore DRS Across Whole Transcriptomes"
Manuscript submitted
In preparation
Yu H, Golconda S, Baek A, Kim S, Kim S. "Novel twin barcoding for ultra-high-accuracy, Nanopore sequencing for HIV-1 whole genome analysis"
Manuscript in preparation
Yu H, Golconda S, Baek A, Kim S, Kim S. "Recombination-free, long-range PCR for full-length HIV-1 DNA genotyping"
Manuscript in preparation
Kim S, Yu H, Golconda S, Reneu J, Hanel W, Kim S. "Treatment resistance of Follicular T helper cells in T-cell-targeting antibody and immunotoxin therapies"
Manuscript in preparation
Golconda S, Lee GE, Yu H, Kim S, Kim S. "Context dependent and HIV-1-specific regulation of RNA and protein expression by HIV-1's site specific m6A RNA modifications"
Manuscript in preparation
Peer-reviewed Abstracts
Yu H, Baek A, Golconda S, Kim S. "Novel twin barcoding for ultrahigh-accuracy, Nanopore sequencing for HIV-1 whole genome analysis."
NHGRI Advanced Genomic Technology Development Meeting, 2019, Boston, MA
Yu H, Baek A, Golconda S, Kim S. "Ultra-high-accuracy Nanopore target-sequencing for innovations in HIV diagnosis and surveillance."
NHGRI Advanced Genomic Technology Development Meeting, 2019, Boston, MA

특허 · 연구비 · 학회

Yang I, Yu H, Yang HJ, Kim SK, Park SR. Quantitative analysis method using microorganism 16S rDNA gene having single nucleotide polymorphism.
US Patent 10,253,378 (2019)
Kim S, Yu H, Baek A. Methods of making and using tandem, twin barcode molecules.
PCT/US2018/049203 (2018)
Yang I, Kang MJ, Yu H, Park SR, Kim SK. Methods and kits for the quantification of nucleic acids.
US 9,297,038 (2016)
Yang I, Yu H, Yang H, Kim SK, Park SR. Bacterial 16s rDNA sequences with defined single nucleotide polymorphisms.
PCT/KR2014/011040 (2014)
Yang I, Kang MJ, Yu H, Park SR, Kim SK. Methods and kits for the quantification of nucleic acids.
PCT/KR2011/008494 (2011)
"On-site, high-fidelity target sequencing and absolute quantitation for HIV-1 surveillance"
NHGRI R01 (PI: Kim S) · 2018 – 2024
"Virus in soils: key modulators of microbiomes and nutrient cycling?"
Department of Energy (PI: Sullivan M; Co-I: Kim S) · 2019 – 2023
"High-accuracy, long-range sequencing for HIV genotyping"
NHGRI R21 (PI: Kim S) · 2018 – 2022
Advanced Genomic Technology Development Meeting, Boston, USA
2019 · Short talk
Nanopore Community Meeting, San Francisco, USA
2018 · Poster
Nanopore Community Meeting, New York, USA
2016 · Poster
Nucleic Acid Summit, San Francisco, USA
2013 · Poster